《表3 CAPS/dCAPS引物》

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《陆地棉耐盐相关SNP筛选和鉴定》

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根据已有的基因注释结果，选择位于CDS区引起氨基酸改变的12个非同义SNPr（表2）进行进一步的验证。这12个非同义SNPr所在的基因涉及离子运输、内质网应激、表观修饰等与植物抗逆有重要关系的途径。使用在线软件dCAPS Finder 2.0（http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html）搜索SNP附近的酶切位点，并结合软件Premier Primer 5.0设计CAPS/dCAPS引物（表3）。用设计的CAPS/dCAPS引物对已进行田间耐盐鉴定的24个材料基因组进行扩增，并使用相应的限制性内切酶酶切后电泳，检测SNPr在24个材料中的多态性。通过比较分子检测与大田鉴定的结果，进一步确定与耐盐相关的SNPr。