《表3 SlWRKY基因相对同义密码子使用度(RSCU)》

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《番茄WRKY转录因子密码子偏性分析》

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注:下划线:RSCU>1

通过CUSP软件对SlWRKY基因同义密码子进行统计分析，结果显示（表3）：密码子GAT、GAA、AAA、AAT、CAA出现次数超过1 000，且频率大于36，另外还有19个密码子出现频率小于10。以密码子AGA的RSCU值最高，为2.64，最低为CGG，为0.28。有27个同义密码子的RSCU值>1，是SlWRKY基因使用偏性较强的密码子，这些密码子中除TTG、AGG密码子以G结尾外，其余密码子均以A/T结尾，进一步验证SlWRKY基因密码子偏好以A/T结尾。此外，SlWRKY基因家族的NCG型密码子的RSCU值相对偏低（0.33，0.43，0.34，0.41），且NCG/NCC值为0.629，表明SlWRKY基因中其甲基化水平一般，且因DNA甲基化而导致的密码子碱基突变可能性相对较低。