《表4 苹果NLP GO分类统计列表》

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《苹果NLP(Nin-Like Protein)转录因子基因家族全基因组鉴定及表达模式分析》

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利用苹果基因组注释（Malus×domestica.v1.0.consensus.gff）对苹果NLP进行染色体定位及基因结构分析，通过比较发现苹果NLP分别定位于2号染色体（MdNLP1）、4号染色体（MdNLP2）、12号染色体（MdNLP3和MdNLP4）、15号染色体（MdNLP5），由于MdNLP6非染色体定位，没有在图中展示（图5-a）。由苹果NLP外显子-内含子分析可以得知外显子数目在5—14，另外，有意思的是MdNLP1和MdNLP5，Md NLP3和MdNLP4分别具有非常相似的基因组成（图5-b），加上前文对苹果NLP蛋白结构和系统进化关系的分析，推测这两组组内可能具有极其类似的功能。利用苹果基因组注释文件中GO（Gene Ontology）条目，对苹果NLP的GO分类功能注释进行了统计（表4），GFF文件共提取到3个MdNLP的9个GO编号，分别是MdNLP2（GO:0005524，GO:0017111，GO:0016887，GO:0016020，GO:0016021，GO:0006810，GO:0000166），MdNLP3（GO:0008270，GO:0000166，GO:0003676），MdNLP4（GO:0000166，GO:0003676，GO:0008270），GO分类共分为分子功能、生物途径、细胞组分3大部分，Md NLP家族富集到的GO条目主要集中于分子功能中的核苷酸结合、锌离子结合、核酸结合等。此外，生物途径一类中注释到1个有关转运的功能，以上都间接证明苹果NLP家族是作为转录因子发挥作用的。