《表5 云锦杜鹃转录组SSR分析结果》

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《云锦杜鹃转录组分析》

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利用MISA软件对云锦杜鹃转录组序列进行分析，共发现21 900个SSR位点，分布在17 414条单基因簇中，其中有含有1个以上SSR位点的单基因簇有3 606条（表5）。在所有SSR位点中，双碱基重复SSR最多，有12 294个，占总数的56.14%；其次为单碱基重复SSR，有6 448个，占总数的29.44%；三碱基重复SSR有2 970个，占13.56%；四碱基重复SSR有140个，占0.63%；五碱基和六碱基重复SSR分别仅有25个和23个（表5）。进一步分析这些SSR重复基序，可以发现，在单碱基SSR中，A/T发生频率最高；双碱基SSR中，发生频率最高的是AG/CT，其次是AC/GT；三碱基重复中发生频率最高是AAG/CTT，其次是AGG/CCT（图4）。