《表1 几种常见食用菌的基因组和遗传连锁图谱信息》

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《食用菌分子育种研究进展》

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选择合适的分子标记是构建高质量遗传连锁图谱的关键，理想的分子标记具有高多态性、共显性、分布均匀、检测手段简单、重复性好等特点。随着分子标记技术的发展，食用菌遗传连锁图谱的研究取得了长足进步，多种分子标记在食用菌遗传连锁图谱的构建中得以应用。限制性内切酶片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）标记用于构建糙皮侧耳Pleurotus ostreatus的遗传连锁图谱[10]；限制性片段长度扩增多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP）标记和酶切扩增多态性序列（Cleaved Amplified Polymorphic Sequences，CAPS）标记用于构建双孢蘑菇的遗传连锁图谱[11]；刺芹侧耳Pleurotus eryngii遗传连锁图谱构建也同样应用了AFLP标记[12]；序列相关扩增多态性（Sequence-related amplified polymorphism，SRAP）标记和目标区域扩增多态性（Target Region Amplification Polymorphism，TRAP）标记用于构建香菇Lentinula edodes的遗传连锁图谱[13]；特定序列扩增（Sequence Characterized Amplified Regions，SCAR）标记用于构建金针菇Flammulina velutipes的遗传连锁图谱[14]。虽然这些分子标记已被广泛并有效地应用于遗传图谱的构建，但存在重复性差（如RFLP，AFLP，SRAP和TRAP）、数量限制（如CAPS）、标记片段在基因组中分布不均匀、难以准确和完整地提供目标QTL（Quantitative Trait Loci）的相关信息等缺点。随着基因组测序和重测序技术的迅速发展，出现了新型分子标记SNP（Single Nucleotide Polymorphism），该标记在基因组中数量多、分布广，适于快速、规模化筛查，是目前QTL精确定位的首选标记之一[15]。Gao等利用SNP标记分别构建了2个不同双孢蘑菇群体的遗传连锁图谱，成功定位了机械损伤敏感性和菌盖颜色性状的QTL[16]，利用简化基因组测序技术开发SNP标记构建了白灵侧耳Pleurotus tuoliensis的高密度遗传连锁图谱[17]。高密度遗传连锁图谱可完善食用菌基因组组装，是研究食用菌的遗传机制和分子育种的基础（表1）。