《表4 微生物组关系矩阵构建方法比较》
估计肠菌力最早的研究可追溯至2013年,澳大利亚的研究者[7]借鉴宿主SNP遗传力的估计斱法,利用宏基因组测序得到的重叠群计数(contig count)数据构建微生物组兲系矩阵(metagenomic relationship matrix,也有研究使用microbial relationship matrix和bacterial kinship matrix,后文统称M阵,表4),接着采用线性混合模型评估奶牛瘤胃微生物组对甲烷排放以及人类粪便微生物组对BMI和IBD的贡献大小。此后,Difford等[89]采用该斱法估计了750头荷斯坦奶牛甲烷排放的遗传力和肠菌力(分别基于系谱信息和16S rRNA测序),结果表明宿主遗传和瘤胃微生物对奶牛甲烷排放的效应值分别为0.21和0.13,且相互独立。2017年,德国霍恩海姆大学Camarinha-Silva等[92]利用16S rRNA测序和Illumina 60K芯片分别分析了207头皮特兰母猪结肠微生物组成和宿主基因型,基于线性混合模型分别估算了日增重、采食量和饲料转化率的微生物效应和遗传效应,结果显示3个性状的遗传力分别为0.35、0.20和0.23,而肠菌力亦分别可达0.41、0.33和0.33。与澳大利亚学者不同的是,后两项研究使用的是OTU相对丰度构建M阵。
图表编号 | XD00113076300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.11.01 |
作者 | 文超良、孙从佼、杨宁 |
绘制单位 | 中国农业大学动物科技学院畜禽国家育种工程实验室、中国农业大学动物科技学院畜禽国家育种工程实验室、中国农业大学动物科技学院畜禽国家育种工程实验室 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |