《以核酸为作用靶的药物研究》求取 ⇩

第一章 作用于核酸的药物设计1

前言1

1.1计算机辅助药物设计（CADD）3

1.2 核酸作为药物作用的靶8

第二章DNA和RNA的结构21

2.1 历史回顾21

2.2 核酸结构的组成25

2.3 核苷、核苷酸及核酸的物理性质27

2.4 核苷酸的构象35

2.4.1 糖环的折叠情况36

2.4.2 碱基的定向38

2.4.3 C4′-C5′键对糖环关系39

2.4.4 磷酸酯键构象39

2.5.1 DNA的结构40

2.5 核酸的结构40

2.5.2 RNA的结构51

第三章X射线晶体学与药物-核酸相互作用的结构研究60

3.1 X射线晶体学对药物-核酸相互作用研究的贡献60

3.2 晶体X射线衍射的基本知识63

3.3 用X射线晶体学确定药物-DNA复合物的结构67

3.3.1 药物-DNA复合物的结晶67

3.3.2 收集X射线衍射数据70

3.3.3 解位相问题71

3.3.4 建立结构模型75

3.3.5 精修结构模型76

3.4 关于测得结构的精确度80

4.1 NMR波谱学的进展87

第四章利用NMR波谱学研究溶液中的药物-核酸相互作用87

4.2 一维NMR用于糖-磷酸链构象研究88

4.3 二维NMR技术94

4.4 利用二维NMR确定药物-DNA复合物的结构100

4.4.1 收集二维NMR谱数据100

4.4.2 归属共振100

4.4.3 建立结构模型104

4.4.4 精修结构模型106

4.5 溶液中的动力学性质109

4.6 溶液和晶体结构的比较111

4.7 结构研究的未来展望113

第五章利用计算机进行药物-核酸相互作用的分子模拟研究119

5.1 药物与DNA相互作用的类型119

5.2 计算机辅助分子设计系统（CAMD）122

5.3 关于模型建造问题125

5.3.1 DNA-丝裂霉素复合物128

5.3.2 DNA-9-氨基吖啶复合物129

5.4 分子力学与能量优化132

5.5 能量成分分析136

5.6 分子模拟研究的应用实例137

5.6.1 DNA-丝裂霉素复合物137

5.6.2 DNA-9-氨基吖啶复合物140

第六章药物与DNA作用的序列特异性146

6.1 药物与DNA的作用方式及其特异性146

6.1.1 与DNA共价作用的药物147

6.1.2 与DNA非共价结合的药物150

6.1.3 对DNA有断裂作用的药物162

6.2.1 研究与DNA共价作用药物的方法167

6.2 研究药物与DNA序列特异性作用的方法167

6.2.2 研究与DNA非共价结合的药物的方法170

6.2.3 研究能断裂DNA的药物的方法172

6.2.4 转录足迹法的发展和应用173

6.3 小结174

第七章核苷酸的生物合成及其抑制剂178

7.1 嘌呤核苷酸的生物合成178

7.1.1 从头合成途径179

7.1.2 补救合成途径184

7.2 嘧啶核苷酸的生物合成185

7.2.1 从头合成途径185

7.2.2 补救合成途径187

7.3 核苷二和三磷酸酯190

7.4 脱氧核糖核苷酸191

7.5 核苷酸的分解代谢195

7.6 核苷酸的聚合197

7.6.1 DNA聚合酶197

7.6.2 RNA聚合酶198

7.7 作为药物的核酸生物合成抑制剂198

7.7.1 抗癌化疗剂200

7.7.2 抗病毒化疗剂207

第八章反义核酸221

8.1 概述221

8.2 反义寡核苷酸222

8.3 反义寡核苷酸的化学修饰224

8.3.1 以磷酸二酯键为中心的化学修饰225

8.3.2 以碱基为中心的化学修饰241

8.3.3 以核糖为中心的化学修饰244

8.3.4 偶联物246

8.4 反义寡核苷酸的性质247

8.4.1 亲和性247

8.4.2 稳定性250

8.4.3 细胞通透性252

8.4.4 特异性255

8.5 三链核酸257

8.5.1 寡核苷酸的三链形成260

8.5.2 三链的结构263

8.5.3 三链核酸研究的未来264

8.6 随机药物设计265

8.7 结语266

9.1.1 Ⅰ型内含子275

9.1 天然存在的有催化作用的酶性核酸275

第九章酶性核酸275

9.1.2 Ⅱ型内含子277

9.1.3 RNase P酶性核酸278

9.1.4 锤头型酶性核酸279

9.1.5 发夹型酶性核酸280

9.1.6 肝炎δ病毒酶性核酸281

9.1.7 脉孢菌属VS RNA281

9.2 RNA断裂机理283

9.3 酶性核酶的反式化286

9.4 锤头型酶性核酸的活性部位290

9.5 锤头型酶性核酸的化学修饰290

9.5.1 酶性核酸2′-位的修饰291

9.5.2 RNA/DNA嵌合体及硫代膦酸酯嵌合体酶性核酸293

9.6 结语295