《表4 最大似然法分析DQB2密码子进化模型及正向选择位点》

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《陕北白绒山羊MHC-DQB2基因外显子2多态性与球虫易感性的相关分析》


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k是模型自由参数数目;ln L是最大似然值的对数;ω是选择参数;pn表示受到ωn选择位点的比例;p和q是M7和M8中β分布的参数;PAML v4.7软件中有6种选择压力不同的模型(M0,M1a,M2a,M3,M7,M8),其中模型M2a和M8采用BEB(Bayes empirical Bayes)法确定了正向选择位点;粗体和斜

用PAML v4.7软件的CODEML程序检测陕北白绒山羊DQB2基因是否受到了正向选择。该软件中,有6种选择压力不同的模型(M0,M1a,M2a,M3,M7,M8),依据AIC(akaike information criterion)标准,结果显示包含选择作用的模型(M2a,M8和M3)优于不包含选择作用的模型(M1a,M0和M7)(表4和表5) 。其中,在M2a模型中,有7个DQB2位点受到正向选择压力,其中8 H、25 L、56 S和60 F位点达到极显著水平(P<0.01);在M8模型中有11个位点受到了正向选择作用,其中8 H、25L、56 S和60 F位点同样为极显著水平,79 K和84N位点达到了显著水平。