《表1 正交试验设计:葛根SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选》

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《葛根SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选》


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根据正交设计的扩增结果对各个组合进行打分,发现处理10扩增条带多而清晰,处理9和13仅有引物二聚体而无扩增条带(图1)。通过对16个体系的3次重复扩增产物进行打分,计算平均值,获得各因素各处理的Ki值及极差R值(表1)。结果显示,DNA和Mg2+浓度的K2值最大,dNTP和引物浓度的K3值最大,Taq DNA聚合酶的K1值最大。Ki越大,表明该水平效果最好(桂腾琴等,2009;严华兵等,2016)。因此,确定葛根最佳SRAP-PCR反应体系为:DNA 40 ng,Mg2+1.5 mmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,引物0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U。DNA、Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶的R值分别为3.0、4.5、5.1、4.1、4.9。R值越大,表明该因素的影响越大(桂腾琴等,2009;严华兵等,2016)。因此,葛根SRAP-PCR反应的各因素影响顺序为:dNTP>Taq DNA聚合酶>Mg2+>引物>DNA浓度。