《表4 SNP注释结果 (部分)》

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《180日龄文昌鸡和隐性白羽克洛鸡基因结构及SNP分析》

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注:No.1:染色体名称；No.2:位置No.3:参考碱基；No.4:简并核酸；No.5:简并质量值；No.6:第一碱基；No.7:第一碱基的质量值；No.8:仅能比对上该位置且支持该碱基的reads个数；No.9:第一碱基的所有支持reads个数；No.10:第二碱基；No.11:第二碱基的平均质量；No.12:仅能比对到该位置且支持该

通过TopHat2软件查找各个样品潜在的SNP位点，并于将所得SNP与鸡dbSNP数据库进行比对，区分可能发生在RNA和DNA水平上的SNP位点，然后注释。由表3可知在WC-D180-B-2样品上得到54 195个可能的SNP位点，其中转换型的40 145个，约占74%；WC-D180-B-3样品获得57 544个可能的SNP位点，转化型和颠换型百分比分别为74%（42 624）和26%（14 192）；WRR-D180-B-2和WRR-D180-B-5获得的潜在的SNP分别为52 438和56 131，转换型SNP所占的比例都约为74%，颠换型都约占26%。