《表3 Av TPS1启动子预测的顺式元件》

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《阳春砂萜类合酶AvTPS1启动子的克隆及其活性分析》

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+链以转录起始位点左边第1个碱基的位置为-1；*当预测的TATA-box数目超过5个时，仅展示得分最高的5个Position of first base at left of transcription initiation site was-1 in+chain；When number of predicted TATA-boxes exceeded five，only top five with highest matrix

将克隆获得的618 bp序列进行生物信息学分析。利用Neural Network Promoter Prediction进行转录起始位点预测，以预测值0.8为cut-off值，确定起始转录位点位于起始密码子ATG上游50 bp处。并利用PlantCARE对启动子中可能存在的顺式作用元件进行预测，分析Av TPS1启动子元件的类型、数量及位置。为了方便区分碱基的位置和正负链，从转录起始位点左边第1个碱基的位置设为“-1”，依此类推。AvTPS1启动子包含多个真核生物启动子保守元件TATA-box和CAAT-box，其中最靠近转录起始点的TATA-box位于-25～-30 bp处（图4）；并有1个顺式作用调节元件G-box位于-416～-421 bp处（图4）；此外，还有光响应元件ATCT-motif，涉及光反应的GT1-motif、MNF1、Sp1元件，涉及热应激反应的HSE元件，还有参与控制昼夜节律的circadian元件，预测得分（matrix score）超过5分的元件见表3。其中，G-box是本研究最为关注的顺式作用元件，除了作为涉及光反应性的顺式调节元件，文献报道G-box是转录因子MYC家族结合启动子的元件[7]，笔者也预测萜类合酶基因Av TPS1可能受转录因子MYC家族的调控。