《表3.氨氧化微生物丰度比值》

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《重庆紫色水稻土中“全程”和“半程”氨氧化微生物的垂直分异》

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Values followed by different small letters within a column are significantly different at the 0.05 probability level.

Comammox的发现让人们走出传统两步硝化的“盒子思维”，但是基因丰度数值并不意味着基因全部进行了表达，RNA反转录、蛋白质等代谢水平的实验有可能更适应于评估全程氨氧化细菌的相对贡献度[36]。此外，以PCR为基础的实验，标靶功能基因amoA的选择对实验结果的影响尤为关键[37]。Orellana等[38]从美国中西部2个农业区（乌尔班纳和哈瓦那），分别在周年内（4、6、9、11月）采集了长期玉米和大豆轮作的沙土和壤土0–5 cm以及20–30 cm的土样，结果表明添加N肥后，奇古门菌Thaumarchaeota的6个深分支和3种全程氨氧化细菌（Comammox）Nitrospira的数量均增加了5倍。也就是共营养条件下，氨氧化古菌对氨浓度的响应可能更敏感。因此，未来的研究方向集中在检测Comammox Nitrospira的原位活性，能更好地确定它们在自然和工程系统中对硝化作用和其他营养循环的相对贡献。Nitrospira II是唯一能够进行单步硝化的系统发育分支，还是具有这种能力的微生物在Nitrospira及其以外的种属中也有分布，目前仍是个谜。由于功能基因分析仅限于已知的基因，不能提供这个问题的答案，因此有必要采取新策略来评估Comammox Nitrospira对全球氮循环的实际贡献。