《Table 2 Best sequences of DNA aptamers from docking results》

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《Cε3-Cε4蛋白寡核苷酸适配子结合位点的预测与筛选》

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对46个DNA片段-蛋白复合物中作用位点的碱基进行统计分析发现，碱基G与蛋白的结合率为30.16%，高于其它碱基，而碱基A与蛋白的作用最低（14.88%），碱基T（28.1%）和C（26.86%）与蛋白作用的结合率大致相同.此结果和蛋白与短发夹DNA复合物界面上氨基酸残基与碱基作用的规律一致，说明一段序列中若碱基G，C和T占序列的百分含量高，则这段序列与蛋白的结合率较高，也解释了序列11与蛋白结合打分高的原因.由表2可见，序列4，10和11中包含1段相同的序列GGACTC，说明与蛋白结合时这段序列对蛋白的亲和作用较强.而TGTCTTGTCTTTAA这段序列在序列18，21，22，23和29中均出现，其对适配子与蛋白结合起着非常重要的作用.因此将蛋白Cε3-Cε4与核酸发挥作用的关键区域定位于GGACTC和TGTCTTGTCTTTAA这2段序列中，但GGACTC片段是所有适配子均含有的固定序列的一部分，因此排除GGACTC与蛋白Cε3-Cε4的结合作用，推测TGTCTTGTCTT-TAA可能是与蛋白Cε3-Cε4作用的关键结合位点.赵丽健[21]对适配子A1与Cε3-Cε4结合关键位点进行了筛选，得到GGGGTCTTGTCTTTAACCCC序列是蛋白Cε3-Cε4的亲和区域，通过体内、体外实验结果证明TGTCTTGTCTTTAA为蛋白Cε3-Cε4与适配子A1的作用位点.预测结果与实验结果十分吻合，证明该方法可行、有效.