《表2 早花/晚花性状基因全基因组重测序》

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《大豆品种北农103早花性状的遗传解析》

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根据全基因组重测序结果，共获得172.15G数据量，过滤后得到的待分析数据为547.65M，质量值（Q30）达94.78%，样品平均测序深度为36X，样品与参考基因组平均比对效率为99.79%，平均覆盖深度为36X，基因组覆盖度为96%。变异检测共获得3741114个SNP和816748个InDel。根据F2群体晚花与早花株的理论分离比（3∶1），计算机关联阈值定为0.9978。计算每个差异的SNP和InDel的位点的SNP-index和InDel-index值。当置信度为0.99时，早花/晚花性状基因定位在3个区域（表2），在6号染色体（C2）上有2个区域，18230000～21040000 bp，36490000～38560000 bp，长度分别为2.810 Mb和2.070 Mb，相关候选基因203个和75个；在7号染色体（M)19680000～21700000 bp区域，长度为2.020 Mb，相关的候选基因有88个，3个区域共有366个候选基因。