《表1 测试力场的研究:全原子力场的最新发展与天然无序蛋白质的模拟》

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《全原子力场的最新发展与天然无序蛋白质的模拟》


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对不同力场用相同的体系进行测试,能够客观地描述不同力场的表现,并且为力场改进提供线索.本节对近年来用IDPs和有序蛋白质对不同力场进行测试比较的工作进行了总结(表1),IDPs体系包括β-淀粉样多肽16~22片段(Aβ16-22)[48,49]、肿瘤抑制因子p53的转录激活结构域(p53-TAD)[50]和von Willebrand因子(VWF)的TIL′E′区域[51],折叠蛋白体系包括泛素、GB3蛋白[52]和肌联蛋白I91结构域(titin I91)[53].下文对CHARMM力场和GROMOS力场名称使用缩写,例如,CHARMM22*缩写为C22*,GROMOS 54a7缩写为G54a7.