《表3 12个hub genes在每种算法中的打分》

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《基于表达谱芯片数据的小鼠高脂响应基因挖掘》

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在PPI网络中有一些中心节点基因与多种基因之间存在相互作用，因而处于网络中的关键位置，被称为hub genes，其被认为是潜在疾病发生和发展的驱动因素。在Cytoscape软件中对整个PPI网络使用CytoHubba插件进行hub genes筛选，通过插件内置的6种全局算法BottleNeck、EcCentricity、Closeness、Radiality、Betweenness、Stress分别对PPI网络中的基因进行打分，对分值前20的基因取交集处理，共筛选到12个hub genes，分别是Pcsk9、Anxa5、Lpl、Cd68、Saa3、Lgals3、Cxcl9、Orm2、Abcg5、Anxa2、H2-Ab1、Lyz2，如图4所示。各种算法对hub genes的打分情况如表3所示。12个关键基因中除了Pcsk9是下调DEGs外，其余均为上调DEGs。部分hub genes在正常和高脂诱导小鼠肝脏中的表达如图5所示。对12个hub genes进行GO分析，结果如图6所示。由图6可知：在生物学过程（biological process，BP）方面，hub genes参与了调节脂质定位、胆固醇运输、胆固醇稳态等过程；在细胞组分（cellular component，CC）方面，hub genes富集于质膜外侧、血浆脂蛋白颗粒、蛋白质-脂质复合物等组分；在分子功能（molecular function，MF）方面，hub genes在载脂蛋白结合、钙依赖性磷脂结合、受体配体活性等方面富集。