《表3 玉米穗型和粒型性状关联位点的驯化和改良信号的Fisher精确检验》

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《玉米穗型和粒型性状的GWAS及其关联位点驯化和改良分析》

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为进一步了解上述关联位点在玉米驯化和改良过程中的演变规律，对关联分析中获得的44个SNP位点，与32份大刍草和68份玉米地方品种的序列数据进行整合，获得3类群体中共有的SNP位点共计29个。经过Fisher的精确检验发现（表3），29个共有位点中有7个位点的等位基因频率从大刍草到地方品种中发生了显著或极显著改变，有14个位点的等位基因频率从地方品种到自交系中发生了显著或极显著改变，两者均有显著改变的位点有3个。这些结果表明，供试材料中受到驯化的相关位点有7个，其中，穗型性状有5个，涉及轴粗、穗粗、行粒数3个性状，粒型性状有2个且都与粒宽相关联。玉米在从地方品种到自交系的改良过程中，有14个位点经历显著的育种改良，穗型性状中有11个，涉及轴粗、穗粗、穗粒重、穗行数、穗重、行粒数6个性状；3个粒型性状的粒长、粒宽、百粒重各有1个SNP具有显著的改良信号。3个既有驯化又有人工改良信号的位点（图2），分别与轴粗、穗粗和行粒数相关联。以上结果说明，在玉米漫长的演化历史中，穗型和粒型中的大多数性状，由于同时受到驯化和人工改良，与之相关联的基因位点也受到了驯化和改良，其中，与轴粗相关位点SNP＿5＿78429638增效等位基因A的频率从大刍草的4.16%增加到自交系的83.23%，与穗粗相关位点SNP＿4＿8908639的增效等位基因T的频率从大刍草的26.67%增加到自交系的87.69%，说明此二位点无论是在驯化还是育种改良过程中有利等位基因都是逐渐增多的。与行粒数相关位点SNP＿1＿91496850在大刍草到地方品种中增效等位基因C的频率从59.26%减少到22.64%，从地方品种到自交系中增效等位基因C的频率又从22.64%增加到81.46%，表明驯化和改良过程中增效等位基因并不一定都是增多的。