《Table 1 Partial atomic charges of cellulose》

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《碱/脲水溶液体系中纤维素包合物构型及纤维素与溶剂分子间相互作用力的分子动力学模拟》

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图1标记了纤维素分子中的羟基氧（O2，O3，O6）、糖环连接氧（O1）和糖环上的氧（O5），表1给出了纤维素分子中各原子的电荷分布，体系的模拟温度设为261 K.在模拟过程中为了更清晰地显示纤维素的包合物构型，对纤维素分子主链在模拟体系中的位置进行固定.体系构建完成后，首先对体系进行能量最小化以消除可能的构象重叠，然后在NPT系综下进行2 ns的动力学模拟，最后在NVT系综下进行120 ns的分子动力学模拟，模拟步长为2 fs，控温方法采用Berendsen热浴法，在三维方向上均采用周期边界条件，采用LINCS算法约束分子键长，选择particle mesh Ewald（PME）方法处理长程静电相互作用，非键相互作用的截断半径设置为1.4 nm.