《表1 各种融合基因检测技术的优缺点》

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《基于长读长高通量基因测序技术在肿瘤融合基因检测中的应用进展》

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目前临床上使用的融合基因检测技术包括细胞遗传学技术[16]、RT-PCR[17]、荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH)[18]、免疫组化（immunohistochemistry，IHC)[19]等。但这些方法操作复杂、周转时间长且对某些特定融合不敏感、存在假阳性、只能检测已知融合并且容易受到样本材料的限制[20-24]（表1），使得他们在临床上的应用受到限制。近些年SGS技术凭借其高通量的优点[3-4]，成为现代医学遗传常规的诊断工具。然而SGS短读长，使得其在结构变异、重复区域、等位基因的分期和区分高度同源的基因区域存在不足[25-26]。TGS技术的出现在检测基因结构变异方面取得了巨大突破，TGS即单分子实时测序技术，具有长读长，高通量、单分子实时测序的优点，该技术能对每一条核酸分子进行单独测序且测序前无需经过PCR。目前常用的TGS测序平台有PacBio公司的SMART(Single Molecule Real-Time）测序和Oxford Nanopore Technologies(ONT）公司的纳米孔测序，他们在测序的原理上各有不同。SMART测序仪采用的是边合成边分析的化学信号分析方式，以环状DNA为模板，4种荧光标记的dNTPs为底物。当dNTPs在单分子DNA聚合酶的作用下与模板发生碱基配对，就能产生识别碱基的光脉冲[27-28]，从而可以直接识别碱基序列。与SMART不同，Nanopore是通过电信号识别碱基序列，双链DNA分子在马达蛋白作用下解螺旋并在其牵引下通过纳米孔，DNA分子在穿过孔道时，不同碱基产生不同的偏转电流，将记录的电信号经过特定的软件BaseCalling，转化为所需的碱基序列[29]。