《表2 用于代谢网络设计的分析方法》

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《微生物细胞工厂的设计构建：从诱变育种到全基因组定制化创制》

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在经典代谢工程领域，多种代谢网络分析和设计方法的不断提出和完善为代谢网络的理性设计提供了理论和技术支撑（表2）。这些分析方法主要包括：动力学分析法，可用于细胞内酶促反应动力学模型的建立和分析；代谢网络分析方法，可用于确定某一目标函数下代谢通量的唯一解或进行途径分析，包括代谢通量分析、通量平衡分析和代谢途径分析三类分析方法；整合了热力学的代谢网络分析，即以热力学第二定律对所有代谢反应加以约束，例如网络嵌入的热力学分析（NET）。随着计算技术的进步和更多代谢模型的建立，多种应变优化算法及软件得到逐步开发和应用，例如基于约束的重构与分析（COBRA）。