《表3 4个分群方法的群间相对变异度(GDBW、PICBW、BICBW)和灵敏度比较》
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《基于SNP标记的玉米自交系类群划分方法和分群功效评估指标的比较》
当亚群数由K=3增加到K=6时,用NJ分群法(8249个SNP),用BIC估计的亚群间相对变异度BICBW由120.1%增加到389.3%,增加为3.241倍;用SNPhylo分群法(8249个SNP),亚群间相对变异度BICBW由160.7%增加到345.8%,增加为2.152倍(表3),表明NJ分群法比SNPhylo分群法对由亚群数增加引起的亚群间相对变异度的增加的反应更灵敏。同理可以算出由BIC估算的ADMIXTURE+TagSNPs分群法(929个SNP)的灵敏度为2.963,ADMIXTURE+SNPs分群法(511个SNP)的灵敏度为2.682。1个分群方法的灵敏度因输入数据的不同而不同,如NJ法在输入SNP数目为8249个、511个和929个时,灵敏度的估值为3.241、2.757、3.181,由BIC估算出的NJ分群法的平均灵敏度为3.060(表3)。结果表明NJ法和ADMIXTURE+TagSNPs的灵敏度明显高于ADMIXTURE+SNPs和SNPhylo。
图表编号 | XD00181536000 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.05.16 |
作者 | 李念念、王义波、徐国平、易黎、王爱方、李婷、曹刚强 |
绘制单位 | 郑州大学农学院、北京联创种业有限公司、北京联创种业有限公司、北京联创种业有限公司、北京联创种业有限公司、北京联创种业有限公司、郑州大学农学院 |
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