《表1 菌株测序情况和NCBI登录信息》

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《一起甲型副伤寒暴发菌株的基因组遗传和耐药特征》

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9株甲型副伤寒沙门菌平均测序深度为109x～388x。de nove拼接contig数为38～79，平均长度为57kbp～120kbp，N50为111kbp～264kbp，N90为45kbp～94kbp。拼接后的基因组序列长度均为大约4.5Mbp。预测基因个数为4 412～4 440，编码基因个数为4 343～4 363。将菌株的基因组序列和MLST数据库比较，确定这些菌株7个管家基因的等位基因编号相同，分别为：aroC，45；dnaN，4；hemD，8；hisD，44；purE，27；sucA，9和thrA，8。由此确定这些菌株均为ST85型。9株甲型副伤寒菌株测序情况、拼接信息和NCBI登录号见表1。