《表5 候选基因及注释信息》

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《黄瓜幼苗下胚轴长度GWAS分析及候选基因挖掘》


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利用已公布的黄瓜基因组测序结果(9930v2),将与下胚轴长度显著关联的SNP标记定位到黄瓜基因组上,进而在显著关联的SNP位点侧翼序列40 kb范围内提取基因。根据黄瓜基因组的注释信息,筛选出候选区段内与下胚轴长度相关的同源基因。本研究共筛选出Csa1G074930、Csa1G475980、Csa2G381650、Csa3G141820、Csa4G051570、Csa3G627150、Csa5G174640、Csa6G362970等8个与下胚轴长度相关的候选基因(表5)。其中,Csa1G074930、Csa1G475980参与植物细胞形态形成,可能直接参与下胚轴的伸长,Csa2G381650、Csa3G141820可能通过影响光形态发生来调控下胚轴伸长,Csa4G051570可能通过蛋白质泛素化来调控下胚轴伸长,Csa3G627150、Csa5G174640则参与了RNA的加工,可能通过转录翻译的调控来控制下胚轴伸长,Csa6G362970则可能通过参与生长素转运,影响细胞的生长,最终调控下胚轴的伸长。在这些候选基因中,Csa1G475980、Csa3G141820、Csa3G627150、Csa5G174640和Csa6G362970对应的位点被重复检测到。