《表4 ENC比值频率分布》

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《两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析》

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对两种梧桐植物叶绿体基因组基因的ENC值进行排序，选出两极的10%基因作为高、低表达基因库，其中两种梧桐属叶绿体基因组高表达基因为rps8、rps14、petD、rps18、rpl16，平均ENC值分别为38.41（F.pulcherrima）、38.02（F.major）；F.pulcherrima低表达基因为ycf2、petA、ycf3、ndhJ、atpE，而F.major为ycf2、clpP、petA、ycf3、ndhJ、atpE，平均ENC值分别为55.21（F.pulcherrima）、55.24（F.major）。分别计算高、低表达基因库的RSCU值，并计算对应密码子的△RSCU值（高表达库RSCU值-低表达库RSCU值），同时与整体密码子的RSCU值结合比较，筛选出△RSCU值≥0.08，且整体RSCU>1的密码子，定义为优越密码子。最终分别确定了17、18个表达优越密码子（表4），分别为GCA、UGU、GAA、UUU、GGA、GGU、CAU、AUU、AAA、UUA、CAA、CGA、CGU、AGU、ACA、ACU（为F.major优越密码子）、GUA、UAU，这些优越密码子均以A/U结尾。此外，我们观察到两种梧桐植物叶绿体基因组使用的优越密码子基本相同，但其△RSCU值存在一定的差异，F.pulcherrima中的GAA、CGA密码子△RSCU>0.08且<0.30，而F.major中△RSCU>0.3，AUU表现则相反，ACU仅为F.major的优越密码子，在F.pulcherrima中△RSCU=0，推测可能与两种梧桐低表达库中所使用的编码基因差异有关。