《表4 不同方法在属和种水平上鉴定到的乳酸菌种类》

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《新疆伊犁牧区传统手工奶酪中微生物多样性及其功能分析》

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注：+.检测到该种菌；-.未检测到该种菌。

利用Illumina MiSeq测序技术及传统培养法对14份奶酪中鉴定出的乳酸菌进行比较分析，可以看出两种方法在乳酸菌的属种鉴定上存在明显差异（表4）。在属水平上，Illumina MiSeq测序技术鉴定出了5类乳酸菌，传统培养法只分离出了3类乳酸菌，但测序法未能鉴定出Weissella，传统培养法未分离出Lactococcus及Streptococcus。其原因可能为本研究的测序结果只呈现出了相对丰度大于2%（图1）的细菌属，而Weissella在奶酪中的含量可能低于2%；传统培养法由于人为去重及培养条件等原因仅能检测到易培养及优势菌的情况[35]，从而未能将奶酪中的乳酸菌进行全部分离。在种水平上，传统培养法能够鉴定出更多的乳酸菌，高通量测序技术由于在种水平上的鉴定能力较弱[36]，故鉴定出的乳酸菌种类较少。