《蛋白质与核酸序列分析基础》求取 ⇩

第1章 序列数据库1

1.1 发展历史1

1.2 数据收集和数据发行3

1.2.1 数据收集3

1.2.2 数据发行4

1.3 序列检索与序列数据格式7

1.4 序列数据库与序列分析软件12

1.5 其它分子生物学数据库18

小结20

第2章 序列对数据库的类似性检索22

2.1.1 氨基酸的替换与记分方法23

2.1 序列检索和比较应考虑的问题23

2.1.2 空位罚分26

2.1.3 基因重组和序列内部重复28

2.2 数据库检索的算法29

2.2.1 片段覆盖法29

2.2.2 K-tuple匹配法30

2.3 应用举例：执行一次数据库检索30

2.4 检索短序列34

2.5 序列类似性检索的发现36

小结38

第3章 序列比较与同源性39

3.1.1 动态程序对准40

3.1 双重序列比较40

3.1.2 点矩阵作图45

3.1.3 序列同源与类似58

3.2 序列类似的显著性评价59

3.2.1 Monte Carlo模拟法59

3.2.2 类似性积分的分布状况63

3.2.3 Karlin-Altschul概率法66

3.2.4 经验判断法66

3.2.5 短序列对准的显著性评价68

3.2.6 核酸序列比较的显著性评价70

3.3 多序列比较72

3.3.1 Feng和Doolittle的方法73

3.3.2 Schuler,Altschul和Lipman的方法77

小结82

第4章 蛋白质家族与分子进化84

4.1 蛋白质家族和超家庭84

4.2 分子进化钟88

4.3 进化树93

4.3.1 序列进化树93

4.3.2 结构进化树97

小结105

5.1 物理化学特性107

5.1.1 由蛋白质序列推算蛋白质的分子量、氨基酸组成、等电点和消光系数107

第5章 蛋白质结构预测与功能分析107

5.1.2 氨基酸组成的统计分析110

5.1.3 根据蛋白质的理化特性快速鉴定蛋白质120

5.1.4 蛋白质稳定性预测120

5.2 一级结构特征126

5.2.1 内部重复单位126

5.2.2 序列模式和位点129

5.2.3 序列结构域与模式匹配方法134

5.3 二级结构特征148

5.3.1 亲疏水性特征与作图148

5.3.2 变异矩与螺旋外表面的检测157

5.3.3 二级结构预测158

小结167

第6章 核酸的信号检索与结构预测169

6.1 限制性酶切位点和固定序列模式170

6.1.1 限制性酶切位点检索170

6.1.2 固定序列模式的检索172

6.2 核酸序列的特殊信号检索175

6.2.1 细菌启动子177

6.2.2 mRNA剪接位点178

6.3 基因编码区鉴定与翻译180

6.3.1 开放阅读框架分析180

6.3.2 编码区鉴定181

6.3.3 基因序列翻译191

6.4 RNA二级结构预测194

6.5 寡核苷酸探针和引物设计199

6.5.1 分子探针数据库199

6.5.2 计算机辅助的引物和探针设计201

小结205

第7章 电子网络与序列分析208

7.1 使计算机联网209

7.2 通过电子邮件开展序列分析209

7.2.1 电子邮件与电子地址209

7.2.2 电子邮件服务器212

7.3 文件传送协议214

7.4 网络信息工具215

7.5 电子公告牌217

小结219

参考文献220

附录Ⅰ 核苷酸符号230

附录Ⅱ 遗传密码字典231

附录Ⅲ 氨基酸符号232

附录Ⅳ 蛋白质的“平均”组成233

附录Ⅴ Dayhoff突变数值矩阵(PAM250)234

附录Ⅵ 一些基因组的大小235

附录Ⅶ 序列和结构数据库236

附录Ⅷ 硬件和软件的选择239

附录Ⅸ 军事医学科学院生物技术软件库243