《表2 子网基本信息及种子节点》

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《基于PPI网络预测和验证结直肠癌相关Hub基因》

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为探究本研究数据集中基因最为聚集的富集术语，引入Cytoscape中的MCODE（Molecular Complex Detection）插件。该方法基于通过局部邻域密度的顶点加权和局部密集种子蛋白的向外遍历，根据给定参数隔离密集区域，具有优于其他图聚类方法的定向模式。该定向模式允许对感兴趣的聚类进行微调而不考虑网络其余部分的连接情况[19]。本文采用MCODE检测网络中的密集连接区域（子网），其中node score cut-off=0.3，K-core=4，共得到9个子网（图3），并给出每个子网的种子节点，即最具代表性的富集术语（表2）。