《表1 苹果种质资源中MdPH1基因SNP类型》

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《苹果酸度相关基因MdPH1的克隆、表达及亚细胞定位分析》


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本研究利用基因组序列及编码区序列对MdPH1基因的结构进行了分析。结果表明(图3:A),该基因包括8个外显子和7个内含子。基因序列全长为4269 bp,编码区序列长2829 bp,共编码942个氨基酸。MdPH1蛋白的理化性质预测表明,蛋白的分子量为105 888.89 kD,总平均亲水性为0.132,理论等电点为6.09,蛋白的不稳定系数为37.63。进一步利用10份苹果种质资源对MdPH1基因组中的单核苷酸多态性(SNP)进行鉴定(图3:A,表1),结果共检测到22个SNP,其中13个SNP分布在基因的内含子区,9个位于外显子区,其中只有位于最后一个外显子上的SNP(G→A)变异导致氨基酸(缬氨酸→异亮氨酸)发生了变化。SNP变异统计分析结果显示:54.55%(12/22)的SNP变异属于胞嘧啶/胸腺嘧啶(C/T)之间的转换;4个SNP变异属于鸟嘌呤/胸腺嘧啶(G/T)之间的颠换;3个SNP属于腺嘌呤/鸟嘌呤(A/G)之间的转换;2个SNP属于腺嘌呤/胸腺嘧啶(A/T)之间的颠换;1个SNP属于鸟嘌呤/胞嘧啶(G/C)之间的颠换。