《表1 mRNA中m6 A检测方法的比较》

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《mRNA中N~6-甲基腺苷修饰及其在动物中的研究进展》

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为了揭示m6 A的生物学功能，首先需要确定其在mRNA转录本中的位置。由于mRNA中m6 A修饰不影响Watson-Crick碱基配对原则，这使得基于逆转录的方法检测不到其存在，致使难度增加。其次，由于在转录组范围内缺乏检测表观转录组学标记的敏感测序技术，也使得表观转录组学研究落后于表观基因组学。虽然科学家们通过薄层层析（two-dimensional thin layer chromatography，2D-TLC）、斑点杂交（dot-blot）和液相色谱串联质谱（liquid chromatography-tandem mass spectrometry，LC-MS/MS）等一些传统方法也能检测到转录组中m6 A的分布，但是这些方法具有很大的局限性，在很大程度上依赖于物理化学技术，无法满足整个转录组水平上m6 A分布的研究要求。直到2012年，两个研究小组独立开发了高通量测序与抗体免疫沉淀相结合的方法（m6 A-Seq或MeRIP-Seq，methylated RNA immunoprecipitation and sequencing），这样才能够在整个转录组范围内检测m6 A的分布[1-2]。该方法是近年来mRNA修饰研究历程中的一大进步，但同样也存在一定的局限性，例如对原始材料的质量和数量要求高、受抗体影响大、分辨率低等。随后科学家们又开发了SCARLET（sitespecific cleavage and radioactive-labeling followed by ligation-assisted extraction and thin-layer chromatography）、PA-m6 A-Seq（photo-crosslinking-assisted m6 A sequencing）、mi-CLIP-Seq（m6 A individual-nucleotide resolution crosslinking and immunoprecipitation sequencing）和m6 A-LAIC-Seq（m6 A level and isoform characterization sequencing）等方法来检测m6 A的分布[7，14-17]。如表1所示，本文对这些方法进行了简单描述，并分析了其存在的优缺点。通过试验的方法来鉴定m6 A位点既费时费力，又需要大量资金投入。因此，急需开发一些算法或程序来系统的分析鉴定m6 A位点。例如RFAthM6A、m6aViewer、TargetM6A、SRAMP、RNA-MethylPred、iRNA-Methyl和pRNAm-PC等算法或程序已被应用于动植物的m6 A位点预测[18-24]。这些算法或程序的使用将有助于更加准确、快速鉴定m6 A位点，以期更好的解释其生物学功能。