《表4 3CLpro蛋白T细胞抗原表位预测》

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《新型冠状病毒3CL水解酶的结构特征及其抗原表位分析》

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随着COVID-19给世界各地带来的经济损失和心理恐慌，公众对相关药物研发的期盼尤为迫切。科学家们前期已经从现有上市药物中找到部分能够“老药新用”的化合物[27]。本研究也预测到多个3CLpro蛋白的配体结合位点，其中蓝色区域分数最高，是口袋和实际配体结合可能性最高的区域（图8和表3）。另外，我们还挖掘到8种潜在的对3CLpro具有抑制作用的小分子药物（图9），其中就有瑞德西韦（图9G），但瑞德西韦对COVID-19的疗效还有待评估[28]。Chen等[29]使用3CLpro分子模型筛选出16个潜在的候选药物，并推测维帕他韦（velpatasvir）和雷地帕韦（ledipasvir）的副作用较小，但这两种药物的抑制作用还有待证实。早在2003年，Hilgenfeld团队就构建了SARS-CoV3CLpro的同源模型晶体结构[30]；2020年3月，他们合成了可抑制SARS-CoV-2的拟肽α-酮酰胺抑制剂。令人鼓舞的是，研究人员称给药小鼠暂时未出现任何不良反应[31]。此外，本文还采用多参数方法分析了3CLpro多个B细胞抗原表位，发现潜在的抗原表位优势区域在第101～107位氨基酸（图10）；同时，预测出了11个评分大于15的T细胞抗原表位，它们主要位于15～23、32～45、65～72、83～91、101～107、111～120、123～129、153～162、201～212、244～253和258～271氨基酸残基附近（表4）。总的来讲，人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus，HIV）[32]和丙型肝炎（hepatitis C virus，HCV）[33]抑制药物被逐步研制的事实表明，新型冠状病毒疫苗和药物抑制剂仍是当下COVID-19最根本有效的防治手段[34]。