《表2 10个最优基因的Cox比例风险回归分析结果、LASSO回归系数和基因组变异频率》
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《DNA甲基化驱动的转录表达特征作为肝癌预后预测标志物的价值》
基因组变异频率数据来源于c Bioportal数据库(https://www.cbioportal.org/)癌症基因组图谱-肝细胞癌项目,包括点突变频率及拷贝数变异频率。CI:置信区间(confidence interval);HR:风险比例(hazard ratio)。
针对这163个基因,首先在模型训练队列中进行了单因素Cox比例风险回归分析,共鉴定出51个与肝癌患者预后显著相关的候选基因(均P<0.05)。随后,LASSO回归进一步降维筛选出其中10个有显著性的候选基因组合用于风险模型的构建(MAEL、PRC1、TTC39A、SFN、LPL、STC2、PBK、CDCA8、MYO18B和MAPT;表2,图2A)。除此之外,在模型训练队列中对这10个基因的基因组变异频率进行分析,结果显示它们均表现出低频(≤10%)的点突变或拷贝数变异(表2),表明表观遗传的改变可能是导致这些基因在肝癌中发生表达异常的主要原因。
图表编号 | XD00212632100 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.08.01 |
作者 | 骆红波、曹鹏博、周钢桥 |
绘制单位 | 贵州大学医学院、军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)、贵州大学医学院、军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京) |
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