《表3 替代速率和最近共祖时间的估算》

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《番茄褪绿病毒的进化动态与适应性进化特征》

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贝叶斯系统发育分析结果显示，103个ToCV分离物以非常高的后验概率（>0.95）可以聚为3个大簇（Clade 1、Clade 2和Clade 3，图4）。Clade 1多样性最高，我国大陆的所有To CV分离物都聚在Clade 1中，Clade 2主要由西班牙分离物等组成，Clade 3仅由两个我国台湾分离物组成。ToCV最近共祖（the most recent common ancestor，MRCA）为1920年（95%CI:1849—1976），我国ToCV大陆分离物的分歧时间约为2005年（95%CI:2001—2009），并从美国传入我国大陆，而我国ToCV台湾分离物的分歧时间为1997年（95%CI:1995—1998），与我国大陆ToCV分离物的来源不同（图4）。贝叶斯系统发育分析显示（表3、图4)，ToCV的CP基因替代速率约为1.12×10-3替代/位点/年（95%CI:6.08×10-4—1.73×10-3）。该替代速率与动物RNA病毒的相当，表明其正处于快速进化动态中。