《表1 可公开获取的基因组数据集》
a) Mut:基因突变;CNV:基因拷贝数变异;GE:基因表达谱;Meth:DNA甲基化;PR:蛋白表达谱;Hist:组织病理学图像
除了上述基于未处理细胞的分子表征资源外Broad研究所开发的CMap(The Connectivity Map)提供了进行遗传性和药理性、扰动的细胞分子特征图谱随后,CMap作为美国国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH)LINCS(Library of Integrated Network-based Cellular Signatures)项目的一部分,基于L1000高通量基因表达谱分析技术,建立了包含来自约20000种小分子和7000种遗传扰动的约47万个基因表达特征LINCS-L1000数据库[16].相比于未处理细胞的分子特征,基于药理学扰动产生的癌细胞系基因表达特征(signatures)更为直接地与药物敏感性相关,因此近年发表的文章中,作为基因表达谱的补充,signatures也逐渐被引入药物响应的预测中以提升预测效果[17,18].表1列出了上述数据集的内容及其获取方式.
图表编号 | XD00200881100 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.11.20 |
作者 | 李叙潼、吴小龙、万晓喆、钟飞盛、崔晨、陈颖佳、陈立凡、陈凯先、蒋华良、郑明月 |
绘制单位 | 中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、华东理工大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院、中国科学院上海药物研究所、中国科学院大学药学院 |
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