《表2 八株嗜根考克氏菌的双组份信号转导系统》

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《嗜根考克氏菌双组分信号转导系统的生物信息学分析》

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根据PFAM数据库中的HK和RR结构域信息对8株嗜根考克氏菌基因组中的TCSs进行了预测，并通过与NCBI数据库中其他序列比对，确定TCS、孤儿HK和孤儿RR的数目。结果表明，嗜根考克氏菌的TCSs基因至少在21个以上，其中TCS、孤儿HK和孤儿RR的平均数目分别是5.25对、7个和8.5个，不存在杂合子（表2）。不同的菌株之间，其TCSs蛋白分布也不一样，最多的是DC2201和FDAAR-GOS＿302，成对的TCS有8个；最少的是14ASP，成对的TCS只有2个（表3）。文献研究表明，大多数细菌编码几十个TCSs以响应环境中的各种信号（Capra and Laub，2012），且TCS的数目与基因组大小有关。一般基因组越大，TCSs数量越多，反之亦然（Borland et al.，2015）。由于嗜根考克氏菌的基因组普遍偏小，它的TCS数量属于低等水平，编码TCS的基因也少于其他常见细菌。