《表8 10种化学成分和4种化学药的结合能》

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《基于UPLC法和网络药理学的黄芩茎叶防治新型冠状病毒肺炎潜在作用机制研究》

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在RCSB数据库中下载ACE2蛋白酶结构域与新型冠状病毒S蛋白受体结合结构域的复合物PDB文件（SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2，PDB ID:6lzg）导入PyMOL，删除水分子，添加氢。在Pubchem数据库中下载药物-化学成分-靶点-疾病网络中化学成分及4种临床用于治疗COVID-19药物结构，导入Chem3D转化成PDB格式。将以上化合物导入AutoDock Tools 1.5.6程序，添加原子电荷，分配原子类型，所有柔性键均默认可旋转，保存为pdbqt格式，作为对接配体。运行AutoDock Vina进行分子对接。选取打分最高（affinity数值最低）的构象作为对接构象，利用PyMOL程序对对接构象进行可视化分析。每种活性成分对接结果几种结合构象中，选取结合能较低且构象较好的结果作为分子对接结果，结合能越小说明受体配体之间亲和力越大，结果见表8和图8。由表8可知，药物-化学成分-靶点-疾病网络中化学成分的结合能均小于-5 kJ/mol，即与SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2均有较好的结合活性。