《表1 Pi1与其等位基因的序列比对分析》

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《水稻抗稻瘟病基因Pi1荧光分子标记的开发及验证》

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首先利用ClustaX软件对Pi1及其等位基因Piks、Pikh、Pikm、Pikp、Pik、Pi7进行序列比对分析，找到Pi1与其它等位基因间的SNP，即Pi1-6编码区的第2 270个碱基处的T/A差异（图1），然后根据其设计分子标记MM-Pi1。设计原理是以反向引物为共同引物，两条特异性正向引物的3'端分别与Pi1及其等位基因SNP位点匹配，5'端分别与带有FAM和HEX荧光信号的正向引物匹配，扩增后获得带有不同荧光信号的PCR产物（图2）。根据该原理设计了标记引物序列（表1），Pi1及其等位基因的基因型对应的荧光信号类型为：T等位对应FAM荧光信号，A等位对应HEX荧光信号（表2）。