《表5‘Y两优2号’RIL群体遗传图谱基本信息》

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《超级杂交稻‘Y两优2号’耐冷性QTL定位与杂种优势分析》

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注:a:连锁群编号与基因组的编号一致；b:上图总标记数表示一条连锁群上的标记的总数目；c:总图距，表示一条连锁群上标记的总遗传距离；d:平均图距表示平均一条连锁群上标记的平均遗传距离；e:最大GAP表示连锁群中Block之间的最大距离，最大gap越小，表示图谱越均匀

本研究中使用的种质通过全基因组测序进行基因分型。总共有2.3 M双等位基因SNP，选择次等位基因频率（minor allele frequency，MAF）≥5%用于关联作图。在本研究中，首先使用R V3.2.1的分位数-分位数图标准函数对tcl的值进行归一化。然后，使用在GEMMA中实施的线性混合模型进行GWAS分析。为了进一步纠正种群结构并减少假阳性，对种群进行了PCA分析，并按照Wang等（2016b）的方法，在GWAS分析中使用前4个主成分作为协变量。之后使用置换策略来确定基因组水平的显著SNP。在200次重复之后，选择10-5的p值作为阈值，以确保错误发现率小于5%。使用Haploview V4.2进行连锁不平衡（linkage disequilibrium，LD）分析，并且按照Gabriel等（2002）的方法在r2值的95%置信区间超过0.98并且下限超过0.70时产生LD块。最后选择LD区块中鉴定的基因作为控制tcl的潜在候选基因。