《表1 不同环境菌群的生物标志物及其相对丰度*》

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《不同环境中纤维素降解菌群多样性差异分析》

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*带有相对丰度数值的分类单元为线性判别分析效应值（LEfSe）分析（LDA score≥4）获得的生物标志物。表示相应环境的主要生物标志物

为了更进一步考察不同环境中纤维素降解菌的差异寻找不同环境的关键菌群，本研究对物种注释后获得的OTUs丰度谱进行了线性判别分析效应值（LEfSe）分析（图5）。LEfSe为最近出现的一种基于线性判别分析（linear discriminant analysis，LDA）效应量（effect size）的分析方法，其本质是将非参数统计检验（Kruskal-Wallis多组检验与Wilcoxon秩和检验）与线性判别分析相结合，从而筛选关键的生物标志物（比如关键功能类群/物种）[30]。结果显示，牛瘤胃、牛粪堆肥、森林土壤及家犬粪便组间具有显著差异的不同级别分类单元重要的生物标志物数量分别为12、5、9和13。由于不同分类级别的生物标志物之间存在从属关系，表1对LEfSe分析结果进行了整理，并对各个生物标志物的相对丰度进行标识，以直观展示不同环境中重要生物标志性物种及其相对丰度。生物标志物将以门水平和最低级别分类水平加以描述。对照组家犬粪便的生物标志物包括Bacteroidetes的Bacteroides、Fusobacteria的Fusobacterium以及来自Firmicutes的Faecalibacterium。与对照组同为动物消化系统直接来源菌群，牛瘤胃组中的生物标志物包括广古菌门（Euryarchaeota）、来自Proteobacteria的Succinivibrionaceae UCG-001、来自Bacteroidetes的Prevotella-7、来自Firmicutes的Selenomonadales和Lachnospiraceae；作为动物消化系统和体外环境来源的混合菌群，牛粪堆肥组的生物标志物为来自Actinobacteria门Actinobacteria纲和来自Firmicutes的Bacillales；作为体外环境来源菌群森林土壤组生物标志物以Proteobacteria为主，包括Pseudomonas、Alphaproteobacteria、伯克氏菌科（Burkholderiaceae）以及Bacteroidetes门的Flavobacteriaceae。