《表5 DEG功能注释结果》

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《'斗南'苹果大果芽变果实发育早期转录组分析》

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利用DESeq软件（http://www-huber.embl.de/users/anders/DESeq）进行样品组间的差异表达分析，以FDR作为差异表达基因筛选的关键指标，共获得51个差异表达基因（differentially expressed gene，DEG），其中上调基因（up-regulated）24个，占DEG总量的47.06%；下调基因（down-regulated）27个，占DEG总量的52.94%。使用BLAST软件将差异表达基因与同源蛋白簇（clusters of orthologous groups of proteins，COG(https://www.mendeley.com/catalogue/cog-clusters-orthologous-groups-proteins/）)、基因本体数据库（gene ontology，GO(http://geneontology.org/）)、KEGG（https://www.kegg.jp/）、NCBI蛋白数据库（NCBI non-redundant protein sequences，NR(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/）)、Swiss-Prot（https://web.expasy.org/groups/swissprot/）数据库进行比对，DEG总注释信息为51个，占DEG的100%，各数据库注释的差异基因百分比各不相同（表5）。