《表1 秧鸡科部分鸟类线粒体基因组比较》

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《秧鸡科部分鸟类线粒体基因组的比较及系统发育关系分析》

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通过对秧鸡科17种鸟类及其它科4种鸟类进行的变异位点及简约信息位点分析，发现线粒体基因组包含变异位点数共823个，简约信息位点数4 498个，ND2、COX1、ND4、ND5和控制区CR基因相对于其它单基因有着较高的变异位点数和简约信息位点数，变异位点数依次为568个、562个、708个、921个、607个，简约信息位点数依次为446个、466个、549个、716个、493个。其余9个蛋白编码基因所含的简约信息位点介于70～371个不等。18个tRNA所含的简约信息位点均较少，4～24个不等，说明秧鸡科鸟类间的tRNA变异不大。变异位点所占比例较高的几个基因为ATP8（0.193 52）、ND2（0.187 29）、ND4（0.171 48）、ND5（0.181 10）和CR（0.306 49）。12S rRNA和16S rRNA的变异位点所占比例相对于蛋白编码基因（0.127 43～0.193 52）而言，较低，分别为0.120 42和0.112 25，说明其相对于蛋白编码基因而言较保守（表1）。ATP8基因的变异位点所占比例较高，但由于其序列较短，含有的简约信息位点较少，仅为70个，不足以反映秧鸡科鸟类系统发育关系的真实性，所以舍弃。COX1基因虽然包含较多的简约信息位点和变异位点，但其变异位点所占比例较低，仅为0.132 75，因此不考虑将其作为分子标记进行系统发育分析。综上，特选用简约信息位点和变异位点含量及变异位点所占比例均较高的ND2、ND4、ND5和控制区CR及线粒体基因组分别构建系统发育树，共同探讨秧鸡科鸟类真实可靠的系统发育关系。