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第一部分mRNA生物学3

1概论3

1.1RNA结构单元4

1.2 RNA折叠6

1.3 RNA世界假说11

1.4 RNA的功能11

1.5 RNA发挥作用时所需的蛋白质12

参考文献15

2mRNA前体的转录17

2.1 蛋白质编码基因的结构与组成18

2.2 RNA聚合酶作用下的mRNA转录过程20

2.3 mRNA前体的转录终止31

2.4 转录过程与其他mRNA成熟过程紧密相连33

2.5 总结34

思考题35

参考文献35

3 mRNA前体的5’端加帽37

3.1m7G帽子结构38

3.2 mRNA加帽酶39

3.3 5’加帽与转录过程偶联41

3.4 5’帽子结合蛋白42

3.5 总结42

思考题42

参考文献43

4mRNA前体的3’端加工44

4.1 多聚腺苷化信号44

4.2 参与mRNA前体3’端加工的蛋白质46

4.3 3’端加工修饰与转录终止紧密相连50

4.4 交替多聚腺苷化50

4.5 胞内多聚腺苷化51

4.6 组蛋白mRNA的3’端加工53

4.7 总结55

思考题56

参考文献56

5真核mRNA前体的剪切58

5.1Ⅰ、 Ⅱ和Ⅲ类内含子58

5.2 mRNA前体的剪切机制60

5.3 剪切体62

5.4 依赖U12的次要剪切体65

5.5 剪切过程与转录和5’加帽过程偶联66

5.6 交替剪切和基因组的复杂性67

5.7 总结70

思考题70

参考文献71

6mRNA从细胞核到细胞质的输出73

6.1 细胞核输入和细胞核输出74

6.2 mRNA输出受体76

6.3 作为mRNA与输出受体之间桥梁的转接蛋白78

6.4 mRNA输出的机制79

6.5 mRNP输出与其他mRNA成熟过程偶联80

6.6 总结81

思考题81

参考文献81

7翻译83

7.1氨基酸、mRNA和tRNA83

7.2 核糖体88

7.3 翻译机制90

7.4 翻译调节99

7.5 翻译与其他mRNA成熟步骤及质控过程偶联102

7.6 总结102

思考题103

参考文献104

8mRNA的去腺苷化107

8.1 去腺苷酶107

8.2 总结111

思考题112

参考文献112

9mRNA的脱帽113

9.1 脱帽酶是mRNA脱帽装置的核心113

9.2 清除脱帽酶DcpS115

9.3 mRNA脱帽反应的调节116

9.4 mRNA进行脱帽反应的胞内场所118

9.5 总结119

思考题119

参考文献119

10mRNA的衰变途径121

10.1依赖去腺苷化的mRNA衰变122

10.2 非依赖去腺苷化的mRNA衰变128

10.3 核糖核酸内切酶介导的mRNA衰变129

10.4 mRNA衰变的调节132

10.5 细菌RNA的降解132

10.6 总结135

思考题136

参考文献136

11mRNA质控138

11.1核内mRNA的质控机制138

11.2 无义链介导的mRNA衰变（nonsense-mediated mRN A dacay， N M D）139

11.3 其他的mRNA质控途径147

11.4 总结149

思考题150

参考文献150

第二部分非编码性RNA生物学155

12核糖体RNA与核糖体合成155

12.1核糖体RNA基因的基因组构成155

12.2 核糖体RNA基因的转录158

12.3 rRNA的成熟171

12.4 核糖体亚基的组装174

12.5 核糖体亚基的核输出176

12.6 rRNA的修饰、结构及功能177

12.7 总结182

思考题183

参考文献183

13转运RNA186

13.1tRNA基因在基因组上的构成及其转录186

13.2 成熟tRNA的加工187

13.3 tRNA修饰194

13.4 tRNA的核输出196

13.5 tRNA的三级结构197

13.6 总结199

思考题200

参考文献200

14 7SLRNA与信号识别颗粒202

14.1SRP结构202

14.2 SRP介导的蛋白质易位206

14.3 总结210

思考题210

参考文献211

157SK snRNA的转录调控212

15.1 7SK snRNA的结构212

15.2 7SK snRNP的转录调节作用215

15.3 其他十扰转录过程的非编码性RNA217

15.4 总结218

思考题218

参考文献219

16小核仁RNA220

16.1snoRNA的基因组结构及其转录220

16.2 H/ACA snoRNA222

16.3 C/D snoRNA224

16.4 功能性snoRNP的成熟过程226

16.5 孤儿snoRNA228

16.6 端粒酶RNP229

16.7 总结230

思考题231

参考文献232

17剪切体小核RNA233

17.1snRNA的转录及成熟234

17.2 U snRNP的结构237

17.3 剪切体snRNP的组装241

17.4 总结247

思考题248

参考文献249

18小非编码性RNA及基因沉默机制251

18.1短链干扰RNA及RNA干扰机制251

18.2 Dicer253

18.3 依赖RNA的RNA聚合酶256

18.4 Argonaute蛋白257

18.5 微小RNA（microRNA，miRNA）与基因的表达调控257

18.6 piRNA及其在生殖系统中对可移动遗传元件的调节264

18.7 具有调节染色质功能的小RNA267

18.8 CRISPR系统——细菌和古生菌的防御机制269

18.9 总结273

思考题275

参考文献276

19长链非编码性RNA279

19.1XIST非编码性RNA基因与X染色体失活279

19.2 果蝇的剂量补偿现象283

19.3 非编码性RNA与印记调控284

19.4 长链非编码性RNA对HOX基因的调节285

19.5 长链非编码性RNA在复杂的基因组中普遍存在286

19.6 总结286

思考题287

参考文献287

20 RNA编辑289

20.1尿嘧啶（U）插入或删除的RNA编辑289

20.2 碱基修饰的RNA编辑292

20.3 总结298

思考题298

参考文献299

21核酶——催化性RNA分子300

21.1催化性RNA的鉴定300

21.2 不同核酶的作用机制及其二级结构301

21.3 总结307

思考题307

参考文献308

22RNA传感器和核开关309

22.1 核开关的作用机制309

22.2 核开关的结构311

22.3 热敏RNA（RNA thermometers）311

22.4 总结313

思考题314

参考文献314

23 RNA组学315

23.1“组学”方法315

23.2 RNA表达分析方法316

23.3 RNA生物学与基因组的复杂性322

23.4 总结322

思考题323

参考文献324

附录思考题答案325

第2章325

第3章327

第4章328

第5章329

第6章331

第7章332

第8章336

第9章336

第10章337

第11章339

第12章341

第13章344

第14章346

第15章347

第16章348

第17章349

第18章351

第19章354

第20章355

第21章356

第22章357

第23章358