《表2 不同处理地黄块根的测序结果》

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《遮阴对地黄块根性状、光合特性及基因转录的影响》

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为了进一步了解遮阴条件下地黄块根内在的分子响应机制，利用RNA-Seq对90%遮阴处理的地黄块根和未处理的地黄块根进行测序。结果在正常光照和90%遮阴处理的地黄块根中分别获得了11 357 661和9 133 620个clean reads（表2）。用已有的地黄转录组为比对模板，处理和对照组分别有98.81%和98.53%的reads能够匹配到参考基因上，其中特异匹配的比例分别达到72.11%和72.18%。2个样品获得的clean reads能够匹配到参考基因的比例均大于98%，说明测序质量较高，达到信息分析的要求。为了筛选地黄块根中响应遮阴而差异表达的基因（DEGs），分析了90%遮阴处理的地黄块根与全光照的地黄块根转录组文库中基因的差异表达情况（图3-A），结果共发现3 348个差异表达的基因，其中遮阴后下调表达的基因有1 396个，而上调表达的基因有1 952个（图3-B）。