《表1 VNTR-9在各地区的分辨力及其与标准VNTR-15的一致性》

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《中国结核病分子流行病学研究进展》

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注:表格根据参考文献9编制。

根据遗传标记的不同，结核分枝杆菌基因分型方法包括IS6110限制性内切片段长度多态性（RFLP）、单核苷酸多态性（Spoligotyping）及串联重复序列多态性（VNTR），其中VNTR分型因操作简便且结果便于分析、交流而成为国内外最常用的分型方法。结核分枝杆菌基因上存在40～50个可用于分型的VNTR位点。Philip Supply等[5]于2006年推出的15和24位点VNTR（VNTR-15/24）已成为全球结核分枝杆菌基因分型的标准方案。鉴于欧美的成功经验，近年VNTR-15/24也被运用于在高发病率地区进行分子流行病学研究。然而，该分型方案在高发病率地区分辨率较低，很多簇菌株之间缺乏流行病学联系。我国广泛流行的北京家族菌株间具有很高的遗传相似性，标准VNTR-15/24分型方案被发现并不能准确定义近期传播。为了更准确的定义北京菌株间的近期传播关系，近期的一些研究提出了多种联合高变位点的分型方案，如此前提出的7位点VNTR，Igor等[6-8]提出的11位点VNTR及香港地区提出的12位点VNTR。这些分型方案在分辨力上较标准VNTR-15更高，但由于高变位点，如VNTR3232，VNTR3820和VNTR4120等存在扩增产物分子量较大而不宜准确判读，以及部分菌株在这些位点无扩增产物等问题。近期，通过系统评估25个VNTR位点在我国不同地区的分辨率和可靠度，已建立了一套适合我国结核分枝杆菌特征的“9+3”两步分型方案:即第1步用9个分辨率较较高、可靠度较好的位点（VNTR-9）作为一线分型方法对所有菌株进行分型；第2步用3个高变位点（VNTR 3232，VNTR 3820和VNTR 4120）进一步区分VNTR-9定义的簇菌株[9]。在全国范围基于人群的研究结果显示，该分型方案与标准24位点+4高变位点的分型方案具有等同的分辨力（表1）。另一方面，对上海耐多药结核菌株研究表明，“9+3”分型结果与全基因测序结果高度一致[10]，提示其作为日常分型方案的可靠性。该方案兼有位点少、位点可靠性强和分辨力高的优势，故被推荐在全国范围开展日常分型或分子流行病学研究相关工作[11]。