《表2 样品测序概况：家禽屠宰场微生物菌群结构及大肠杆菌耐药性评估》

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《家禽屠宰场微生物菌群结构及大肠杆菌耐药性评估》

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经过质控、过滤、拼接等处理，本实验最终获得673 888条有效序列，其中屠宰区域水体样品（W）有370 425条有效序列，屠宰器械表面微生物样品（S）有303 463条有效序列。所获得的有效序列根据97%相似性水平进行OTU聚类分析，各样品最终获得320～1 242个OTU，各样品的覆盖度指数为0.992～1.000，表明样本中序列没有被测出的概率极低，因此本次测序结果能够代表样本的真实多样性组成。各样品的稀释曲线均趋于平缓（图1），说明测序已趋于饱和，测序深度已基本覆盖样品中所有的物种。进一步使用ChaoI指数、ACE指数、Shannon指数及Simpson指数对样本内细菌群落的丰富度和多样性进行评估（表2）。