《表1 TNFα处理的淋巴母细胞内检测的KIAA0146基因区内NF-κB结合区》

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《基于生物信息学数据库研究肿瘤组织细胞表达KIAA0146的机制及意义》

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为了揭示宫颈癌组织细胞高表达KIAA0146基因的机制，本文首先使用UCSC数据库分析KIAA0146基因区内NF-κB的结合特征．结果显示，在TNFα处理的淋巴母细胞内发现KIAA0146的基因区包含5个NF-κB结合区，其中1个位于基因的5′端，4个位于基因内（表1）．在TNFα处理的宫颈癌HeLa细胞内检测的KIAA0146的基因区包含12个富集倍数超过20的NF-κB结合峰，其中3个位于基因5′端，7个位于基因内，2个位于基因3′端（表2）．自基因区5′端开始依次将它们命名为结合峰1～12．结合峰9位于基因内，富集倍数最大，为27.284（表2）．而且结合峰4、7、9、10分别和DNase I超敏感位点重合（图2) .Jaspar数据库分析发现以上12个NF-κB结合峰内均包含κB位点，平均每100 bp含1.89个κB位点．Transfac数据库也发现这些结合峰内包含κB位点，平均每100 bp含2.52个κB位点（图3）．为了提高预测分析的可靠性，本文还统计分析Jasppar和Transfac共同预测的κB位点．结果发现，除了结合峰3之外，其他11个NF-κB结合峰内均包含由这两款软件共同发现的κB位点，平均每100 bp含有1.36个κB位点（图3）．以上结果表明，TNFα诱导NF-κB通过κB位点直接结合于KI-AA0146基因．