《表1 在TNFα处理的He La细胞内检测的LCN2的NF-κB结合峰(FE>20)》

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《LCN2在宫颈癌和食管癌中高表达的机制及作用》

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本研究以往在TNFα处理的宫颈癌He La细胞中使用Ch IP-Seq技术研究了NF-κB的全基因组特征（Xing et al.，2013a）。为了揭示肿瘤组织细胞高表达LCN2的分子机制，本研究进一步分析此数据（Xing et al.，2013a）。由于NF-κB可以结合远离其靶基因的κB位点而调控它们的表达（Antonaki et al.，2011；Xing et al.，2013b；Zhou et al.，2013）。因而设定LCN2的上游100 kb至其下游100 kb为该基因的基因区（chr9:130 811 732～131 015 734，GRCh37/hg19）。通过分析此区域的NF-κB结合峰发现，LCN2基因区覆盖24个富集倍数（fold enrichment，FE）大于20的NF-κB结合峰，其中17个分布在基因的5'端，7个分布在基因的3'端（表1）。从LCN2基因区的5'端开始，依次将NF-κB结合峰命名为Peak 1～Peak 24。FE最高的结合峰为Peak16，位于LCN2的启动子区（表1）。随后在TNFα处理的He La细胞中采用Ch IP-q PCR技术验证Peak16。本研究设计的q PCR引物扩增的结合峰DNA片段包含3个κB位点（图3A）。通过q PCR检测发现，与对照（Ig G）相比，NF-κB抗体显著富集LCN2启动子区DNA片段（图3B）。而且，在TNFα处理的Hep G2细胞中也检测得到与此一致的结果。