《表2 小桐子Dof基因:小桐子Dof基因家族生物信息学与表达分析》

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《小桐子Dof基因家族生物信息学与表达分析》


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利用已经鉴定的拟南芥和水稻Dof基因家族所有成员,通过NCBI小桐子基因组数据库进行BLAST比对寻找,共鉴定出24个小桐子Dof转录因子。为了更好地区分小桐子Dof转录因子,基于Dof基因在染色体上的定位(从上到下),小桐子Dof基因被暂时命名为JcDof1~JcDof24。通过ExPASy网站对Dof蛋白的理化性质进行分析,结果表明,Dof基因开放阅读框的长度从483 bp(JcD-of4,NCBI基因ID为JCGZ_21565)到1 569 bp(JcDof16,NCBI基因ID为JCGZ_12318),对应的编码氨基酸的长度从160至525,蛋白质分子量的大小从18 200至56 500(表2)。此外,通过DNA-MAN5.0软件进一步对24个小桐子Dof蛋白的结构域进行分析,结果表明,小桐子Dof蛋白的结构域是高度保守的,且所有Dof蛋白的结构域均含有CX2CX21CX2C基序,进而构成C2-C2单锌指结构(图1),该结果进一步证明了我们所鉴定的蛋白为Dof家族的成员。