《表1 所选肝细胞癌数据库的甲基化检测平台以及肝细胞癌病例和癌旁例数》

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《差异甲基化位点对肝细胞癌预后的相关性分析》

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肝细胞癌病例临床预后数据及基于美国Illumina公司Methylation450芯片检测的全基因组甲基化在level 3的数据均通过以下在线数据库获得:癌症和肿瘤基因图谱计划数据库（The Cancer Genome Atlas，TCGA），数据库网址:https://cancergenome.nih.gov/。mRNA数据来自TCGA中肝细胞癌RNA测序数据。基因表达公共数据库（Gene Experssion Omnibus，GEO）中的GSE54503数据集、GSE57956数据集和GSE37988数据集，数据库网址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/。本研究中TCGA和GSE54503数据集是选取肝细胞癌病例的Illumina Human甲基化450 k芯片测量数据，GSE57956和GSE37988数据集是选取肝细胞癌病例的Illumina Infinium Human Methylation27数据检测平台测量的数据。Illumina Infinium Human Methylation 27平台包含27 578个CpG位点的探针对，Infinium Human Methylation450 BeadChip能够检测485 577个CpG位点的探针对。最后分析的甲基化位点是求取两组数据平台的位点交集，最终剩余25 978个甲基化位点。其中TCGA数据库中肝细胞癌病例数为377例，癌旁数为50个；GSE54503数据集肝细胞癌和癌旁数样本数各66个；GSE37988数据集肝细胞癌和癌旁样本数各62个以及GSE57956数据集肝细胞癌和癌旁样本数各59例（表1）。