《表4 以DST为金标准判断TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE对二线抗结核药品耐药的检测效能》

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《全基因组数据分析工具TB Profiler v2.8.0、Mykrobe v0.7.0和PhyResSE v1.0在耐药结核病检测中的价值》

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注5株菌株缺失阿米卡星DST结果；2株菌株缺失链霉素DST结果

TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE检测二线抗结核药品耐药的特异度均较高，而敏感度在不同药品和工具之间差异较大（表4）。PhyResSE检测氟喹诺酮类耐药的敏感度为88.27%(143/162），略高于TB Profiler(81.48%，132/162）和Mykrobe(82.10%，133/162）。对于阿米卡星，PhyResSE的敏感度为60.00%(27/45），略高于TB Profiler(48.89%，22/45）和Mykrobe(55.56%，25/45）。TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE检测耐链霉素的敏感度相近，分别为78.77%(256/325）、76.00%(247/325）和79.38%(258/325）。TB Profiler、Mykrobe和PhyResSE检测氟喹诺酮类和阿米卡星耐药的特异度均高于95%，检测耐链霉素的特异度略低，分别为88.89%(184/207）、89.37%(185/207）和90.34%(187/207）。根据DST结果，本研究纳入的菌株中有3株耐贝达喹啉、12株耐利奈唑胺和35株耐氯法齐明，TB Profiler对这3种药品进行了耐药检测，但只检测了Rv0678和rrl基因上少数突变位点，没有检出耐药菌株。