《表1 差异表达基因信息：基因集富集分析探讨帕金森病和癌症致病基因DJ-1的潜在功能》

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《基因集富集分析探讨帕金森病和癌症致病基因DJ-1的潜在功能》

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为了查看本研究所用的GSE17204数据集的数据质量控制和直观展示基因的差异变化情况。从GEO数据库中获取该数据集的表达矩阵，然后利用R软件读入原始表达矩阵，进行探针基因名转换，去掉多个探针对应一个基因的情况，保留原始表达值最高的探针，获得最终的表达矩阵。利用limma程序包构建分组矩阵（DJ-1 RNAi组及Scramble对照组），经过线性模型拟合、贝叶斯检验等步骤后输出所有差异表达基因12 403个（图1）。最后，筛选出差异两倍以上并且p值小于0.05目标基因52个（表1）。